عمده‌ترین اهداف این پژوهشکده عبارتند از:
- هماهنگی با اهداف وزارت علوم‌، تحقیقات وفن‌آوری
- ایجاد هماهنگی هر چه بیشتر بین جنبه‌های نظری و تحقیقاتی در روش های جغرافیا واشاعه جغرافیای کاربردی
- مطالعه جامعه جغرافیایی کشور و مشارکت فعال جغرافیدانان و یاری‌رساندن به مسئولین و برنامه ریزان